Entre els segles XVI i XVIII la població de Girona i els seus voltants no era pas homogènia, ans ben al contrari. A la ciutat hi havia gent que vivia, pensava, creia, sentia i resava de manera diferent ade la que dictava l'ortodòxia cristiana.
Hi havia grups de gent amb creences diferents de les assenyalades pel dogma catòlic. Alguns continuaven practicant els ritus propis de la religió jueva, que tenia arrels ancestrals a la ciutat, però que n'havia estat esborrada formalment el 1492. Les doctrines de Luter i altres corrents espirituals herètics comptaven igualment amb seguidors gironins. També hi havia qui tenia costums amorosos i sexuals que anaven a contracorrent. D'altres, sobretot les dones, eren víctimes d'acusacions de fetilleria pels seus coneixements ancestrals.
Aquesta exposició explica les diverses maneres de pensar i de viure que, en uns temps difícils, van fer part de la història de Girona; i posa en relleu l'estroncament d'una herència cultural, social i espiritual que, malgrat tot, va contribuir a forjar la història d'aquesta ciutat.
L'exposició La Girona dissident del Museu d'Història dels Jueus complementava La Girona de l'època moderna: de l'obrador al baluard (segles XVI-XVIII) del Museu d'Història de Girona.