L'any 1896 s'inaugurà en unes sales de l'Ajuntament el "Museo arqueológico, biblioteca pública i exposición artístico industrial permanente", origen de l'actual Museu. El 1941, després de la Guerra Civil, es tornà a obrir com a Museu Municipal en la seva ubicació actual, a l'antic col·legi de Sant Ignadi. En els seus fons s'hi van incorporar les col·leccions procedents dels centres excursionistes locals -el de la Comarca de Bages i el Montserrat- així com altres objectes d'art, especialment religiós, recuperat en el marc de les destruccions de la Guerra Civil de 1936-39. L'any 1977 es va renovar l'exposició permanent i se li va donar el nom de Museu Comarcal de Manresa. De temàtica pluridisciplinar, l'exposició permanent es centra en l'art i la història de Manresa, el Bages i Catalunya.

Una perspectiva virtual sobre l'història del canal de la Sèquia, els efectes de la seva construcció en la producció agrícola i el urbanisme desde l'edat mitjana fins l'actualitat.  

El principal objectiu del Museu és preservar i difondre la història de les comunitats jueves de Catalunya, que al llarg de tota l'edat mitjana varen formar part i varen contribuir decisivament a la trajectòria històrica i al desenvolupament cultural i científic del país. En la majoria dels casos, s'ha procurat il·lustrar les explicacions del recorregut museològic amb exemples procedents de la història de la Girona jueva. Aquests exemples, tant documentals com arqueològics o iconogràfics, ofereixen una explicació genèrica de les formes de vida jueva a la Catalunya medieval.

El Museu compta amb onze sales que conformen un recorregut que relata aspectes de la vida quotidiana, la cultura i la història de les comunitats jueves a Catalunya i a Girona en època medieval.

Es targetes postaus an estat eth rebrembe des lòcs visitats.Era Val d’Aran a estat freqüentada pes toristes des dera fin deth sègle XIX, e es editors e impressors des targetes postaus an enviat as sòns fotografs entà captar-ne imatges d’era.Era tematica a estat diuèrsa. I a, sustot, es vistes generaus, damb es arrius e es pònts, es edificis civius e eclesiastics e es carrèrs e places des pòbles aranesi. D'auti tèmes qu'an estat fotografiadi son es trabalhs restacadi damb eth camp e damb era pagesia e es hèstes, civius e religioses.

Ua hita istorica en imatges

Dues comunitats diferents varen compartir l’espai de la Girona medieval. Les relacions entre elles varen ser estretes i en molts casos, productives i enriquidores. Si la Girona cristiana ens ha arribat fins avui la Girona jueva, en canvi, ha deixat poques restes físiques. Va ser molt activa entre els segles X i XV, va tenir un espai propi dins l’estructura urbana, va enlluernar el món amb la seva cultura i, al final, va fondre’s en l’oblit, condemnada primer per la intolerància i més tard pel desconeixement. Però gràcies al seu llegat la Girona d’avui és mostra de la riquesa que proporciona la diversitat.«Convé al savi que no haja ànsia de ço que ha perdut mas que guard ço que li és romast»Jafudà Bonsenyor, segle XIII Tapís dels Iudei. Teixit de llana. Torroella de Montgrí, 2005. Donatiu de l’Escola-taller Embolic al Museu d’Història dels Jueus. Reproducció del detall de la franja inferior del Tapís de la Creació de la Catedral de Girona Aquesta exposició complementava La Girona medieval. La clau del regne, que es podia veure a la sala d'exposicions del Museu d'Història de Girona, i "El monestir de Sant Daniel a l'època medieval", situada al claustre del monestir de Sant Daniel.

Entre els segles XVI i XVIII la població de Girona i els seus voltants no era pas homogènia, ans ben al contrari. A la ciutat hi havia gent que vivia, pensava, creia, sentia i resava de manera diferent ade la que dictava l'ortodòxia cristiana.Hi havia grups de gent amb creences diferents de les assenyalades pel dogma catòlic. Alguns continuaven practicant els ritus propis de la religió jueva, que tenia arrels ancestrals a la ciutat, però que n'havia estat esborrada formalment el 1492. Les doctrines de Luter i altres corrents espirituals herètics comptaven igualment amb seguidors gironins. També hi havia qui tenia costums amorosos i sexuals que anaven a contracorrent. D'altres, sobretot les dones, eren víctimes d'acusacions de fetilleria pels seus coneixements ancestrals.Aquesta exposició explica les diverses maneres de pensar i de viure que, en uns temps difícils, van fer part de la història de Girona; i posa en relleu l'estroncament d'una herència cultural, social i espiritual que, malgrat tot, va contribuir a forjar la història d'aquesta ciutat.L'exposició La Girona dissident del Museu d'Història dels Jueus complementava La Girona de l'època moderna: de l'obrador al baluard (segles XVI-XVIII) del Museu d'Història de Girona.

Paisatge humà dels calls El Museu d’Història dels Jueus presenta una exposició sobre famílies, cognoms i persones relacionades amb el passat jueu d’algunes ciutats catalanes. Constitueixen el seu llegat immaterial, que va més enllà del llegat físic i monumental que també tenen aquestes ciutats.Les institucions que han treballat per a la recuperació del patrimoni històric jueu generalment s’han centrat en el patrimoni material, allò físic que es pot mostrar a un visitant, les restes arqueològiques o arquitectòniques. Això, a vegades, ha posat en segon terme els habitants de les jueries medievals, persones que, al cap i a la fi, foren els responsables de tot el llegat material que ens ha arribat fins avui dia.L’exposició «Llegat: paisatge humà dels calls» té com a objectiu presentar els noms de les principals famílies jueves medievals que un dia formaren part del país. Es fonamenta sobre una recerca en la documentació escrita entorn de famílies vinculades a alguns dels calls medievals més representatius de diferents territoris de Catalunya i Balears.Les conversions o l’exili les conduïren per camins molt diversos. Encara podem resseguir les traces d’alguns d’aquests itineraris personals i familiars. Altres resten en la memòria oral d’algunes famílies escampades arreu del món a partir de 1492 i també es manifesten en els seus cognoms, que s’han transmès per generacions a l’interior de les comunitats sefardites. Recuperant-ne els noms, en recuperem la memòria.