L'any 1896 s'inaugurà en unes sales de l'Ajuntament el "Museo arqueológico, biblioteca pública i exposición artístico industrial permanente", origen de l'actual Museu. El 1941, després de la Guerra Civil, es tornà a obrir com a Museu Municipal en la seva ubicació actual, a l'antic col·legi de Sant Ignadi. En els seus fons s'hi van incorporar les col·leccions procedents dels centres excursionistes locals -el de la Comarca de Bages i el Montserrat- així com altres objectes d'art, especialment religiós, recuperat en el marc de les destruccions de la Guerra Civil de 1936-39. L'any 1977 es va renovar l'exposició permanent i se li va donar el nom de Museu Comarcal de Manresa. De temàtica pluridisciplinar, l'exposició permanent es centra en l'art i la història de Manresa, el Bages i Catalunya.

Una perspectiva virtual sobre l'història del canal de la Sèquia, els efectes de la seva construcció en la producció agrícola i el urbanisme desde l'edat mitjana fins l'actualitat.  

El principal objectiu del Museu és preservar i difondre la història de les comunitats jueves de Catalunya, que al llarg de tota l'edat mitjana varen formar part i varen contribuir decisivament a la trajectòria històrica i al desenvolupament cultural i científic del país. En la majoria dels casos, s'ha procurat il·lustrar les explicacions del recorregut museològic amb exemples procedents de la història de la Girona jueva. Aquests exemples, tant documentals com arqueològics o iconogràfics, ofereixen una explicació genèrica de les formes de vida jueva a la Catalunya medieval.

El Museu compta amb onze sales que conformen un recorregut que relata aspectes de la vida quotidiana, la cultura i la història de les comunitats jueves a Catalunya i a Girona en època medieval.