Entre març i abril de 2001 es va dur a terme una campanya arqueològica a l’ermita de la Nativitat de la Mare de Déu de Benifallet, per tal de recollir el màxim d’informació per plantejar el posterior projecte de rehabilitació i recuperació de l’edifici. Els treballs van consistir en l’obertura d’un sondeig ubicat a la paret oest de l’església. Sota el paviment de rajola actual va aparèixer un paviment de calç i un estrat d’enderroc antic amb restes òssies humanes. Durant la campanya també es va aprofitar per moure un dels sarcòfags que es conserven a l’església i obrir-lo, per si a dins es trobaven restes humanes originals. Però el sarcòfag semblava haver estat obert diverses vegades i reomplert amb ossos humans força actuals portats d’altres llocs.