A la dècada dels noranta l'organització primer va anar a càrrec de la “Comissió de Flors de Banyoles” (1990-1992), i posteriorment de l’“Associació d'Amics de les Flors del Pla de l'Estany” (1993-1998). La gent propera al món de les flors prenia la iniciativa i cada vegada quedava més llunyana la vinculació a l’escola.
L’any 1990 es va fer a final d’abril i començament de maig, però després va retornar al voltant del dia de Sant Joan. Alguns anys, de 1989 a 1993, va coincidir amb la fira banyolina de Firestany i va esdevenir una mena d’afegitó d’aquesta. La participació va continuar essent notable: el 1990 va haver-hi tres-cents testos i una seixantena de roses, i vuitanta-vuit persones varen portar les seves plantes. Sovint per raons d’espai (des del 1991 no es pot utilitzar el claustre i s’ha de reduir l’Exposició), es va mantenir en les tres-centes plantes.
El 1990 hi va haver una edició especial dedicada a les roses i es va projectar un vídeo sobre l'art del Bonsai. De 1994 a 1996, en estar el claustre en mal estat, es va optar per instal·lar-la a l’edifici de la Pia Almoina. Un any, el 1994, es va fer la cantada d’havaneres a la placeta de la Font i, el següent, a la plaça Major. Els anys 1997 i 1998 va tornar al monestir. Malauradament, va acabar la dècada amb un trasbals, ja que el 1999 no es va celebrar, en no haver-se trobat cap espai adient i no haver-hi prou gent per a poder-la organitzar.
