Després d’un any sense Exposició de Flors, el 2000 es torna a celebrar al tradicional indret del claustre del monestir. L’organització l’assumirà l’Ajuntament de Banyoles i rebrà el nom de “Concurs-Exposició de Flors de Banyoles” o “Exposició de Flors de Banyoles”. La idea, però, ha canviat i, a partir d’ara, hi haurà un cartell oficial i, a semblança d’altres poblacions, es buscarà més el lluïment de la ciutat. Des d’aquest any, si bé el nucli central de l’Exposició estarà al monestir i al seu claustre (ja completament remodelat), l’activitat floral es reparteix també per diversos espais. I s’incrementen arreu les activitats paral·leles, com els concursos de balcons i aparadors, la lectura de contes, la cercavila de gegants i la rua, els tallers florals, les havaneres i els concerts; i es recuperen les visites nocturnes.
En un primer moment, fins a l’any 2004, es fa pels volts de Sant Joan; i des de llavors a final de maig o començament de juny. El 2003 és l’any del concurs de rams de flors per a la gegantessa. Un any més tard, s’incorpora la ballada de gegants i la “I Fira de productes relacionats amb les flors”; i el 2006 es fa la “Setmana del Menú de la Flor”.
Amb el transcurs dels anys, l’Exposició de Flors s’ha estirat i ocupat més espais a la ciutat per a mostrar el barri vell banyolí. Darrerament s’hi fa coincidir la Fira Gartstròmia, que vol unir la gastronomia i l’art. Tanmateix, el claustre del monestir de Sant Esteve s’ha mantingut com el lloc de les actuacions principals (la inauguració i cloenda).